Rekomendasi
Rekomendasi pengelolaan perikanan yang dirumuskan sebagai dasar untuk menentukan rencana strategis berupa kebijakan/program/kegiatan yang diarahkan untuk mengatasi kesenjangan atau isu dan permasalahan yang ditemukan. Rekomendasi pengelolaan perikanan dikelompokkan berdasarkan flag status masing-masing domain EAFM. Secara umum, rekomendasi pengelolaan perikanan berbasis ekosistem yaitu:
| Flag status | Kategori | Keterangan | 
| 
 | Kurang | perlu ditetapkan rencana strategis untuk memperbaiki atau meningkatkan kondisi domain dan indikator yang ada | 
| 
 | Sedang | perlu ditetapkan rencana strategis untuk mengoptimalkan atau meningkatkan kondisi domain dan indikator yang ada | 
| 
 | Baik | perlu ditetapkan rencana strategis untuk mempertahankan atau meningkatkan kondisi domain dan indikator yang ada | 
Adapun, rekomendasi yang dapat diterapkan untuk Domain Ekonomi, yaitu:
| Flag status | Kategori | Rekomendasi | 
| 
 | Kurang | perlu ditetapkan rencana strategis untuk memperbaiki peran perikanan tangkap dalam kehidupan ekonomi Rumah Tangga Perikanan di suatu ekosistem perairan darat | 
| 
 | Sedang | perlu ditetapkan rencana strategis untuk mengoptimalkan atau meningkatkan peran perikanan tangkap dalam kehidupan ekonomi Rumah Tangga Perikanan di suatu ekosistem perairan darat | 
| 
 | Baik | perlu ditetapkan rencana strategis untuk mempertahankan atau meningkatkan peran perikanan tangkap dalam kehidupan ekonomi Rumah Tangga Perikanan di suatu ekosistem perairan darat | 
